Canaris fue testigo de las acciones de los Einsatzgruppen de las SS con apoyo de Wehrmacht en territorio polaco, y quedó conmocionado por la extrema crueldad contra los judíos. Intervinó ante el general Keitel informándole lo visto. Keitel respondió que el mismo Führer había ordenado esto en persona. A partir de ese momento empezó a efectuar acciones subversivas de socavamiento del régimen.

Ideó la Operación Portorius, que consistió en desembarcar en la costa este (Florida y Maine) de los Estados Unidos, desde submarinos, a dos grupos de agentes alemanes dedicados al sabotaje de la industria de la guerra en suelo estadounidense a principios de 1942. Sin embargo, dichos grupos fueron descubiertos y desarticulados apenas pusieron pié en suelo estadounidense, ejecutándose a más de 20 alemanes subordinados y sus jefes a manos de la inteligencia estadounidense. Este incidente creó mucha desconfianza en el pueblo estadounidense porque cualquier extranjero era eventualmente considerado sospechoso de espionaje.

Canaris fue enviado a España personalmente por Hitler para convencer a Francisco Franco de que este país se les aliara en la guerra, logrando captar la atención de Franco, sugiriéndole que se mantenga al margen de la guerra. Franco toma en cuenta las indicaciones de Canaris y luego de sopesar la situación, finalmente desecha unirse a Hitler cuando éste le visita. Franco encubrió el verdadero papel de Canaris durante esa gestión y se mostró más tarde muy agradecido con él, llegando a enviarle un retrato autografiado personalmente.

El almirante trataba en lo posible de desanimar a Hitler cuando solicitaba informes respecto de futuras operaciones abrumándolo con información desalentadora respecto del enemigo y exagerando la situación en particular.

En una reunión de revisión de escenarios, Canaris dejó traslucir en un comentario que la victoria de Alemania era un hecho ficticio. Hitler se violentó con Canaris y tomándolo de las solapas y fuera de sí, le gritó preguntándole si acaso el propio Jefe de Inteligencia de la Wehrmacht insinuaba que perdería la guerra. Canaris no contestó y se retiró ofendido de dicha reunión, y no tardó en ponerse en contacto con el sorprendido general Olbritch para unirse al complot que se tramaba entre la alta oficialidad prusiana lideradas por Claus von Stauffenberg. A fines de 1942 Canaris alcanzó el grado de vicealmirante.

http://es.wikipedia.org/wiki/Wilhelm_Canaris

Realizó acciones en contra de algunos propósitos del régimen de Hitler y nunca se consideró traidor por ello. Canaris ante todo se consideraba tan patriota como Claus von Stauffenberg.

Tuvo acceso a información privilegiada y la manejó del modo más conveniente posible, de acuerdo a sus convicciones. Hábilmente manejó y gestionó información muchas veces distorsionada, para los planes de Hitler, de modo tal que éste se desalentara de llevar a cabo ciertas acciones bélicas. Su gestión interna estaba constantemente vigilada por la Gestapo y la espada de Damocles pendía sobre su cabeza constantemente.

En 1937, Canaris captura información proveniente de un general ruso disidente, llamado Zkoblin, en la que se asegura que existe una intriga combinada de oficiales rusos y alemanes decididos a derrocar a Stalin. Heydrich supo de esta información (ya que tenía agentes infiltrados en la Abwehr), y valiéndose de una operación encubierta de inteligencia, roba esta documentación de las oficinas de la Abwehr, incendiándola después para no dejar rastros. Desde ese entonces Canaris y Heydrich (junto con Himmler) serían antagónicos enemigos internos.

La documentación fue manejada por Hitler con la ayuda de Heydrich y ocasionaron la purga en el Ejército Rojo, con la eliminación de más de 3 000 oficiales, entre ellos Mijaíl Tujachevsky, máximo exponente de la guerra mecanizada en la Unión Soviética.

En 1938, y a raíz de este episodio, la oficina es reorganizada con personal de su confianza. Con la anuencia de Hitler pasa a llamarse "Amt Ausland/Abwehr im Oberkommando der Wehrmacht" (Oficina de Defensa del alto mando del Ejército) con su cuartel general en Berlín. Esta nueva organización tiene mayor poder en relación a temas externos tales como contraespionaje, tareas de sabotaje y temas de información técnica y económica rescatada de los territorios enemigos.

En el inicio de la Segunda Guerra Mundial, logró un manejo eficaz al obtener importante información de los códigos ingleses, sobre todo en la Operación Nordpol. Sin embargo, con el correr del tiempo el antagonismo entre la Abwehr y las SS fue tomando un cariz peligroso para Canaris. El no ser un pro-nazi, tener entre sus colaboradores a judíos, y el ayudar a escapar ocultamente a muchos de Alemania justo antes del inicio del conflicto, eran hechos conocidos por las SS.

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